Początki i pierwsze wzmianki
Najstarsze dokumenty wspominające Rupniów pochodzą z pierwszej połowy XV wieku. W 1414 roku bracia Mikołaj, Andrzej, Zbigniew i Jan — podpisujący się jako „ze Zbydniowa" — dokonali podziału rozległych dóbr rodowych. Choć przy pierwotnym podziale Zbigniewowi przypadło m.in. Rybie, Rupniów ostatecznie trafił w ręce Andrzeja, który jako pierwszy przyjął przydomek „Rupniowski", dając początek szlacheckiemu rodowi, który przez kolejne stulecia kształtował historię wsi.
Herb rodu — Drużyna — widniał na pieczęciach licznych dokumentów wystawianych przez właścicieli Rupniowa. Wieś w tym czasie rozwijała się jako typowe gniazdo rodowe małopolskiej szlachty: skupione wokół dworu, z folwarkiem, młynem i skupiskami chłopskich zagród.
Ród Rupniowskich i reformacja
W XVI wieku Rupniów był świadkiem dramatycznych przemian religijnych, które ogarnęły całą Rzeczpospolitą. Ród Rupniowskich stał się gorącym zwolennikiem i propagatorem arianizmu (Braci Polskich). Szczególnie wyróżnił się Joachim Łukasz Rupniowski (1590–1641) — poeta barokowy i wysoki funkcjonariusz hierarchii ariańskiej. Jego twórczość literacka oraz zaangażowanie w ruch reformacyjny sprawiły, że postać ta jest jedną z najbardziej znanych osób związanych z wsią.
W tym samym stuleciu Rupniowscy posunęli się do aktów obrazoburczych — jako patroni kościoła w Łososinie Górnej, zbeszcześcili tamtejszą świątynię, odbierając duchownemu prawa do poddanych i dziesięciny w Zbydniowie. Spór ten był częścią szerszego konfliktu między tradycyjnym katolicyzmem a reformacją w powiecie limanowskim.
Z biegiem czasu dobra rupniowskie zaczęły się rozdrabniać. Od 1604 roku część wsi należała do dominikanów krakowskich, kolejne części przeszły w ręce rodów Pienężków oraz klasztoru franciszkanów w Krakowie.
Czasy zaborów i Galicja
Po pierwszym rozbiorze Polski w 1772 roku Rupniów znalazł się pod panowaniem austriackim, w prowincji zwanej Galicją i Lodomerią. Władze austriackie dokonały sekularyzacji dóbr kościelnych — majątek dominikanów skonfiskowano i sprzedano Konstantemu Wiktorowi w 1795 roku.
Wiek XIX przyniósł kolejne zmiany własnościowe. Przed 1846 rokiem właścicielem wsi został Józef Kisielowski, który zasłynął z surowego traktowania chłopów — jego imię do dziś budzi niejednoznaczne skojarzenia w lokalnej tradycji. W połowie XIX stulecia dobra rupniowskie przeszły w ręce rodziny Meisnerów.
Według danych z ok. 1888 roku wieś liczyła 751 mieszkańców, w tym 8 osób wyznania mojżeszowego, i 111 domów. Dwór kontrolował znaczne połacie ziemi ornej i lasów, podczas gdy chłopi dysponowali znacznie mniejszymi gospodarstwami. Nędza i przeludnienie popychały część mieszkańców do emigracji zarobkowej — głównie do Stanów Zjednoczonych i Niemiec.
Dwie wojny światowe
Pierwsza wojna światowa dotknęła Rupniów szczególnie dotkliwie. Wieś leżała blisko linii frontów toczonych w Karpatach. Mobilizacja do armii austro-węgierskiej pozbawiła rodziny żywicieli, a przemarsze wojsk i rekwizycje doprowadziły do poważnych zniszczeń.
Okres dwudziestolecia międzywojennego to czas odbudowy i stopniowej modernizacji. Rupniów stał się częścią odrodzonej Rzeczpospolitej Polskiej, a jego mieszkańcy aktywnie uczestniczyli w budowaniu nowych instytucji samorządowych.
Druga wojna światowa — lata 1939–1945 — znów przyniosła terror i represje. Mieszkańcy wsi doświadczyli trudów okupacji, wywózek na roboty przymusowe i działalności partyzanckiej w okolicznych lasach Beskidu Wyspowego.
Polska Ludowa i przemiany powojenne
W latach 1954–1972 Rupniów funkcjonował jako odrębna gromada administracyjna — jedna z dziesięciu w granicach obecnej Gminy Limanowa. Ten okres samorządności, mimo ograniczeń narzuconych przez system komunistyczny, umożliwił pewien stopień lokalnej inicjatywy.
W 1972 roku, w ramach reformy administracyjnej PRL, Rupniów został włączony do odnowionej Gminy Limanowa. Lata 70. i 80. to czas inwestycji infrastrukturalnych: elektryfikacji, budowy dróg i sieci wodociągowej. Rozbudowywano i modernizowano szkołę (remonty w 1976, 1977 i 1991 roku). Powstał Ludowy Klub Sportowy Rupniów, skupiający mieszkańców wokół piłki nożnej.
Współczesny Rupniów
Transformacja ustrojowa po 1989 roku otworzyła nowe możliwości dla lokalnych społeczności. Rupniów, liczący dziś ok. 1675 mieszkańców (dane GUS 2021) i zajmujący powierzchnię ponad 1005 ha, jest prężnym sołectwem Gminy Limanowa.
Wieś może poszczycić się nowoczesnym Kompleksem Szkół im. Stanisława Wyspiańskiego, salą sportową, boiskami wielofunkcyjnymi i stadionem LKS Rupniów. Działają dwa Koła Gospodyń Wiejskich — Rupniów-Bednarki i Rupniów-Centrum — aktywnie promujące lokalną kulturę i tradycje na festiwalach regionalnych.
Ochotnicza Straż Pożarna, z siedzibą mieszczącą m.in. filię Gminnej Biblioteki Publicznej, stanowi centrum życia społecznego. Wśród lokalnych zabytków na szczególną uwagę zasługują drewniane przydrożne kapliczki rozsiane po przysiółkach, z których najstarsza pochodzi z 1863 roku. Kaplica Matki Bożej Częstochowskiej, wybudowana w latach 80. XX wieku, należy do parafii Znalezienia Krzyża Świętego w Nowym Rybiu.